Khi phytoestrogen gắn với thụ thể estrogen có thể tạo nên nhiều đáp ứng sinh học khác nhau. Nếu sau khi gắn kết nó kích thích thụ thể thì hoạt tính thu được gọi là chủ vận. Tuy nhiên có loại phytoestrogen sau khi gắn kết với thụ thể sẽ ức chế đáp ứng sinh học dạng estrogen, khi đó nó có tác dụng đối vận.

Một yếu tố chủ chốt quyết định đến tác dụng chủ vận hay đối vận của phytoestrogen là ái tính gắn kết với thụ thể estrogen. Nếu đáp ứng sinh học được tạo ra với nồng độ phytoestrogen tương đương với nồng độ estradiol thì chúng được xem là chất chủ vận. Ngược lại, các thành phần có tác dụng estrogen yếu đòi hỏi nồng độ rất cao để tạo nên tác dụng với mức độ như estradiol. Điều này cũng đúng đối với các chất đối vận. Một số phytoestrogen là các chất chủ vận cực kỳ yếu, thậm chí không thể kích thích thụ thể estrogen cả ở liều rất cao và có thể có cả tác dụng đối vận, chúng được xem là chất đối vận một phần [5].